V roce 2003 se muzeum přestěhovalo do budovy, kterou pro něj zajistilo vedení města Roudnice nad Labem. Konečně byla tedy této instituci, poprvé v její více než stoleté historii, dána k dispozici její vlastní budova. Díky výše uvedenému zániku původního muzea však byla naprostá většina sbírek, za účelem její záchrany, převedena na okolní muzejní instituce, avšak před tímto převodem byla již část sbírek rozkradena. Obnovené muzeum tedy nedisponovalo žádným sbírkovým fondem. Tento původní fond byl tedy formou dlouhodobých zápůjček za významné pomoci zejména litoměřického muzea a Národního muzea v Praze získán zpět a stal se základem obnovené muzejní sbírky.

Dne 15. listopadu 2004 byla slavnostně otevřena první část stálé expozice, zaměřená zejména na historický vývoj Roudnice a okolí. Kromě stálé expozice provozovalo muzeum od roku 2003 do roku 2005 jako svoji oddělenou expozici středověkou věž, zvanou městská Hláska. V minulosti se na Hlásce představily expozice s různým zaměřením a tématikou (výstavy o Novém Zélandu, Historie dětské kovové stavebnice, Čs. vojáci v letech 1939-1945 apod.).

V únoru 2006 byly zpřístupněny výstavní prostory pro stálé i dočasné expozice v druhém patře muzea. Roku 2021 byla rozšířena stálá expozice o antiku.